Фамилия Холупова образована от прозвища Холуп, и в её основе лежит пласт простонародной лексики, связанной с бытом и социальным положением. Самая прямая и очевидная версия возводит прозвище к слову «холоп» — так на Руси называли дворовых, крепостных людей, тех, кто находился в полной зависимости от хозяина. В этом случае основатель рода Холуповых, вероятно, был из числа крепостных, и прозвище Холоп закрепилось за ним как указание на его сословие. Фамилия, переходя из поколения в поколение, сохранила память об этом происхождении, став для потомков ценным источником семейной истории.

Однако у прозвища Холуп есть и вторая версия, не менее интересная. Она связывает его со славянским словом «халупа» — так называли небольшую бедную избу, хатку, первоначально в украинских и белорусских землях. Слово встречается во многих славянских языках, и предполагается, что оно родственно другому — «халуга», то есть плетёный шалаш, временное укрытие. Если придерживаться этой версии, прозвище Холуп могли дать человеку, который жил в подобной хижине или, возможно, сам её строил. Так или иначе, прозвище закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование, а со временем легло в основу фамилии Холупова.

Интересна и сама словообразовательная модель. Перед нами не стандартное для русских фамилий окончание -ов, а его вариант -ов, присоединённый к основе, которая в народном произношении изменила звучание: холоп превратился в холуп. Такая замена гласного в корне — не редкость для живой речи, где безударный звук редуцировался и записывался на письме как «у». Это делает фамилию Холупова не просто отсылкой к крепостному праву, но и маленьким свидетельством того, как звучала речь в той местности, где прозвище возникло.