Фамилия Хомушов — один из тех редких случаев, когда корень слова не славянский, а тюркский, и встречается она почти исключительно у тувинцев и других народов Южной Сибири. Чтобы понять её происхождение, нужно сразу смотреть не на русский суффикс -ов, а на основу «Хомуш».

В тюркских языках, в частности в тувинском, слово «хомуш» или «хомус» имеет несколько значений. Самое распространённое и прямое — это «хомус», традиционный музыкальный инструмент, разновидность варгана. Человек, который искусно играл на хомусе, мог получить прозвище Хомуш — и оно закрепилось как родовое имя. Однако есть и другая, более прозаичная версия: в некоторых диалектах «хомуш» означает «камыш» или «тростник». Прозвище могли дать человеку, жившему у заросшего камышом озера или занимавшемуся плетением из камыша.

Русский суффикс -ов, присоединённый к тувинской основе, — типичный признак того, как фамилии оформлялись у народов, вошедших в состав Российской империи. В XIX — начале XX века, при записи в метрические книги, местные жители, не имевшие наследственных фамилий, получали их по имени отца или прозвищу с добавлением русского патронимического суффикса. Так Хомуш становился Хомушовым.

Примечательно, что в отличие от многих русских фамилий, где -ов указывает на принадлежность («чей сын?»), здесь суффикс выполняет скорее административную функцию — он просто русифицирует тюркское прозвище. Поэтому искать фамилию в центральных областях России почти бесполезно: её ареал — Республика Тыва и прилегающие районы Хакасии и Алтая. Встречается она нечасто, что делает её хорошим маркером для тех, кто изучает генеалогию народов Саяно-Алтайского региона.