Фамилия Хорьяковых — довольно редкий случай, когда прозвище могло закрепиться за родом не по занятию или внешности, а по манере поведения или даже по мелкому, но яркому бытовому эпизоду. В основе лежит слово «хорёк» (в старом написании «хорь»), но не в прямом значении «хищный зверёк», а в переносном, народном. В русских говорах «хорьком» или «хорьком-хорьком» дразнили человека юркого, пронырливого, изворотливого, а также того, кто ведёт себя скрытно, «тихой сапой» добивается своего. Реже так могли назвать обладателя узкого, вытянутого лица или цепкого взгляда — по аналогии со зверьком.

Модель образования типична для северных и центральных областей России: суффикс -яков (-як) указывает на принадлежность к роду или на характерный признак. Сначала появилось прозвище Хоряк (Хорьяк) — «похожий на хорька», а затем от него образовалась фамилия Хорьяковы. Форма с «-ья-» (а не «-я-») — это результат стяжения в разговорной речи: Хорь-як → Хорьяк, что закрепилось на письме как особенность конкретного рода.

Встречается фамилия локально, без широкого рассеяния. Основные очаги — Вологодская, Костромская и Кировская области, где говоры сохранили слово «хорь» в активном употреблении. В документах XVII–XVIII веков в этих краях нередки записи крестьян и посадских людей с прозвищами Хорь, Хорёк, Хоряк — фамилия Хорьяковых, скорее всего, вышла именно из этой среды, из чёрносошного крестьянства или ремесленников.

Филологически фамилия примечательна тем, что сохранила древнюю форму суффикса -яков, который в центральных говорах постепенно вытеснялся более привычным -ов. Если бы прозвище закрепилось в Москве или вокруг неё, мы бы имели вариант Хорьковы или Хорьков. А Хорьяковы — это осколок северного диалектного словообразования, который случайно дожил до наших дней в паспорте.