Фамилия Хорякова — женская форма от Хоряков, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ов(-а) указывает на притяжательное значение: «чей?» — «хоряков», то есть сын или потомок человека по прозвищу Хоряк. Такая схема типична для русских фамилий, сложившихся в XV–XVII веках в среде служилых людей, крестьян и посадских.

Основа Хоряк — нередкое в прошлом прозвище. Его источник — слово «хорёк» (в диалектах «хоряк»). Прозвище могли дать человеку за внешнее сходство со зверьком: узкое лицо, юркость, цепкость, а также за хитрый или драчливый нрав (хорьки известны смелостью). Второй, менее вероятный, вариант — отчество от неканонического имени Хоряк, которое иногда давали детям как обережное: считалось, что «звериное» имя отпугивает нечисть.

Географически фамилия встречается преимущественно в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Костромской губерниях, где хорьки были обычным промысловым зверем. В этих краях прозвище Хоряк могло закрепиться за охотником-звероловом. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна приводится аналогичная модель (Хорьков, Хорёк), но форма Хоряков встречается реже, что отличает её от массовых «звериных» фамилий вроде Волков или Зайцев.

В дворянские родословные книги Хоряковы не попали — это фамилия крестьянского или мещанского происхождения. В XIX веке носители фамилии числились в основном государственными крестьянами и однодворцами. Ударение в фамилии плавающее: в говорах чаще на второй слог (Хоряко́в), в литературной норме — на первый (Хо́ряков).