Основой фамилии Хотеенко послужило мирское имя Хотей. Мирское имя Хотей, вероятно, образовано от глагола «хотеть». Вероятно, такое имя дали горячо любимому, желанному ребёнку, то есть тому, чьего появления на свет хотели. К подобным именам, очевидно, относится и имя Хотей.