Фамилия Хотенок — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив уменьшительно-ласкательный суффикс. В основе лежит древнерусское нецерковное имя Хотен, которое встречается в летописях и берестяных грамотах. Имя происходит от глагола «хотеть» в значении «желанный, долгожданный ребенок». Так называли младенца, которого ждали долго или после потери предыдущих детей, — распространенная в древности практика обережных имен. Суффикс -ок в данном случае не типичный для фамилий русских крестьян (там чаще -ов/-ев), а скорее украинский или белорусский, где он означает «сын Хотена» или просто «маленький Хотен». Это указывает на западнорусское или малороссийское происхождение рода.

Географически фамилия тяготеет к западным областям: Черниговщина, Гомельщина, Брянщина. В переписях Речи Посполитой XVII века встречаются казаки и мещане с таким прозвищем, но в массовом порядке фамилия не закрепилась — Хотенок осталась локальной, не разошедшейся по всей империи. По сословной принадлежности предки могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми: имя Хотен фиксируется среди боярских детей в XV–XVI веках (например, Хотен Булгаков, упомянутый в разрядах). Однако суффикс -ок снижает социальный статус — в великорусских землях такую форму давали скорее холопам или мелким тяглецам.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «хотен» — так в псковских и тверских говорах называли ленивого или нерасторопного человека. Но здесь вступает в противоречие ласкательный суффикс: прозвище с отрицательным значением редко получало уменьшительную форму. Поэтому основная гипотеза — от имени-оберега — выглядит убедительнее. Встречаются также однокоренные фамилии Хотенов, Хотенко, Хотянов — все они восходят к тому же древнерусскому корню, но Хотенок сохранил самую архаичную и редкую модель образования.