Фамилия Хотынюк — характерный пример восточнославянской модели фамилий на -юк, широко распространённой в западных регионах: на Волыни, в Подолье, в Галиции. Суффикс -юк в украинской ономастике обозначает «сын» или «потомок», то есть Хотынюк — это буквально «сын Хотыня». А вот что скрывается за этим Хотынем — вопрос более интересный.

Основа фамилии — «Хотын» или «Хотен». В древнерусском языке существовало нецерковное имя Хотен, образованное от глагола «хотеть». Такие имена-пожелания были в ходу до XVII века: Хотен означал «желанный», «долгожданный». Им могли назвать ребёнка, которого долго ждали в семье. Имя встречается в берестяных грамотах и в летописях — например, Хотен Блудович, упомянутый в «Слове о полку Игореве». От него пошли фамилии Хотенов, Хотенков, а в украинской традиции — Хотенюк и Хотынюк.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: прозвище Хотын могло быть связано с диалектным словом «хоть» — «хворост» или «кустарник». В этом случае фамилия указывала бы на место жительства предка — у зарослей, в лесистой местности. Однако большинство ономастов (в частности, работы Ю. К. Редько по украинским фамилиям) склоняются к антропонимическому происхождению от имени Хотен.

Географически фамилия Хотынюк наиболее плотно бытует в Тернопольской, Хмельницкой и Ровенской областях. Встречается также в Беларуси, но реже. Носители фамилии в XIX веке были преимущественно крестьянами и мещанами, что типично для украинских фамилий на -юк — они редко проникали в дворянские родословные книги.

Интересная деталь: в некоторых переписях XIX века фамилию записывали как «Хотенюк» (с «е»), что подтверждает связь с именем Хотен. Форма с «ы» закрепилась позже, возможно, под влиянием местных говоров, где «е» в безударной позиции переходило в «ы».