Основой фамилии Хотенко послужило мирское имя Хотен. Мирское имя Хотен, вероятно, образовано от глагола «хотеть». Вероятно, такое имя дали горячо любимому, желанному ребёнку, то есть тому, чьего появления на свет хотели. К подобным именам, очевидно, относится и имя Хотен. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Хотен, со временем получил фамилию Хотенко.