Фамилия Хотиненко — яркий пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс в XVI–XVII веках был основным способом создания фамилий на Левобережной и Слободской Украине и изначально означал «сын» или «потомок» (буквально: «маленький», «младший»). Таким образом, Хотиненко — это «сын Хотина» или «потомок человека по прозвищу Хотин».

Основа фамилии — прозвище Хотин. Его происхождение, скорее всего, топонимическое. Самый прямой и вероятный источник — название города Хотин (ныне в Черновицкой области Украины). Этот древний город на Днестре известен с X века и знаменит своей крепостью, а также историческими сражениями. Человек, переселившийся из Хотина или имевший с ним прочную связь (торговую, военную), мог получить прозвище Хотин. В среде запорожского казачества, где географические прозвища были особенно распространены, это было обычной практикой: казаку давали имя по месту его рождения или службы.

Есть и менее очевидная версия, связанная с личным именем. В древнерусском языке существовало имя Хот (или Хотен), образованное от слова «хотеть» (в значении «желанный»). От него пошли фамилии Хотов, Хотенов. Форма Хотин могла быть уменьшительной формой этого имени (с суффиксом -ин). Однако в украинской ономастике топонимическая версия для фамилии с таким четким географическим ориентиром считается более убедительной, чем гипотеза о редком каноническом имени.

Встречаются и другие, более редкие варианты написания: Хотененко, Хотыненко. Все они — фонетические или орфографические ответвления той же основы. Фамилия Хотиненко, несмотря на громкое историческое звучание основы, не принадлежала к дворянским родам — это типичная казацкая или крестьянская фамилия Поднепровья и Правобережной Украины, которая в XIX веке закрепилась за потомками тех, кого в реестрах XVII века могли записать просто как «Хотин» или «Хотиненко».