Фамилия Хрипунков напрямую связана с прозвищем дальнего предка — Хрипунок или Хрипунко. В основе лежит глагол «хрипеть» и прилагательное «хриплый», поэтому первое, что приходит на ум, — человек с сиплым, прерывающимся голосом или больным горлом. Такое прозвище было бы естественным для того, чей голос выделялся среди других, и закреплялось как наиболее употребительное именование, которое затем и легло в основу фамилии.

Есть и другая версия, более редкая. В старину хрипуном называли кречета — птицу, чей голос напоминал хриплый крик. Если прозвище пошло от птицы, то Хрипунком могли назвать человека, который напоминал её внешне или по характеру, но эта гипотеза выглядит менее правдоподобной, чем прямая связь с голосом.

Словообразовательная модель проста: к основе «хрипун» добавили уменьшительный суффикс -ок- (или -к-), получилось прозвище Хрипунок, а затем стандартный русский патронимический суффикс -ов, давший фамилию. По такому же принципу возникли однокоренные фамилии Хрипунов, Хрипков, Хрипаков.

Однокоренные именования фиксирует «Ономастикон» С.Б. Веселовского: там записаны Хрипков Иван Матвеевич, 1629 год, Суздаль, и Хрипков Иван Иванович, 1627 год, Солова. Эти записи показывают, что прозвища с корнем «хрип-» бытовали в центральной России уже в первой половине XVII века, причём в разных регионах — от Суздаля до Соловы. Сама фамилия Хрипунков, вероятно, закрепилась чуть позже, когда прозвищные именования начали массово переходить в наследственные фамилии.