Фамилия Христодор — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище и не мирское имя, а полное личное имя греческого происхождения. По сути, это фамилия-теофор, то есть несущая в себе имя Бога. Христодор (Χριστόδωρος) переводится с греческого как «дар Христа» (Христос + дорон — дар). В святцах это имя встречается, но распространённым на Руси оно не было — слишком длинное и книжное для крестьянского быта. Поэтому и фамилия, образованная от него, осталась штучной, не массовой.

Словообразовательная модель здесь — нулевая, без суффикса. Фамилия Христодор — это чистая основа, не переоформленная типичными русскими фамильными формантами -ов, -ин или -ский. Такая модель характерна для фамилий, возникших в среде духовенства или в образованных городских слоях, где имя могли записать как есть, без добавления «чей сын». Сравните с фамилиями Амвросий, Мелхиседек или Варсонофий — все они из той же среды.

Вероятнее всего, предок носителя этой фамилии был священнослужителем или происходил из семьи, где ребёнка нарекли редким календарным именем Христодор. В семинарской среде такие имена давали намеренно, чтобы выделить ученика или в честь какого-либо святого. Фамилия могла закрепиться за сыном или внуком этого Христодора, который в быту, скорее всего, звался сокращённо — Дор, Дорик или Христя. Географически фамилия тяготеет к южным и центральным губерниям Российской империи, где было сильнее греческое влияние, а также к регионам с плотной сетью церковных приходов.

Встречается вариант написания через «ф» — Христофор, но это уже другая фамилия, от того же корня, но с другим окончанием. Христодор же остаётся более редкой, почти уникальной формой. В современных справочниках она фиксируется единично, что делает её надёжным маркером происхождения из духовного сословия, а не из крестьян или мещан.