Фамилия Худобашян — яркий пример армянской модели фамилии, указывающей на происхождение от прозвища или профессии. Её основа — «Худобаш», что с армянского переводится как «хозяин Бога» или «владыка Бога». Слово «худо» в данном случае восходит к персидскому «хода» (бог, господин), а «баш» — к тюркскому «баш» (голова, глава). В армянском языке это сложное слово могло означать «богоглава» или «глава веры» — прозвище священника, духовного лидера, либо человека, который вёл за собой общину в религиозных вопросах.

Суффикс «-ян» (или «-янц» в диалектах) — стандартный армянский патронимический показатель, соответствующий русскому «-ов» или «-ин». Он указывает на принадлежность к роду: Худобашян буквально значит «из рода Худобаша», то есть потомок того самого Худобаша. Такая модель фамилий сложилась в Армении в XIX веке, когда закреплялись родовые имена, часто по имени или прозвищу основателя рода.

В отличие от многих армянских фамилий, образованных от имён (Акопян, Петросян) или географических названий (Арцруни, Ширакаци), Худобашян несёт явный оттенок социального статуса. Носитель прозвища, скорее всего, был не просто верующим, а человеком, облечённым духовной властью — священником, старшиной общины или даже настоятелем монастыря. В армянской среде такие прозвища давали не случайно: «хозяин Бога» звучало как уважительное, почти сакральное обращение.

С точки зрения географии, фамилия Худобашян встречается преимущественно среди западных армян — выходцев из исторической Западной Армении (ныне восточные области Турции). После геноцида 1915 года носители фамилии рассеялись по диаспоре: в Ливане, Сирии, Франции, США. В России и странах СНГ она редка, но встречается в среде армянских переселенцев из Турции.

Орфография фамилии устойчива: вариант «Худобашян» — единственно верный в русской транскрипции. В латинице возможны написания Khudobashyan или Khodobashyan. Ударение в русском языке обычно падает на последний слог: Худобашя́н, хотя в армянском произношении ударение может смещаться на первый слог — Ху́добашян.