Фамилия Хухлынин — одна из тех, где корень не бросается в глаза, а суффикс сразу выдаёт модель образования. Она принадлежит к самому массовому типу русских фамилий — на -ин. Суффикс -ин присоединялся к основам, оканчивающимся на -а/-я, и указывал на принадлежность: «чей?» — Хухлынин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Хухлыня. Исходное прозвище, скорее всего, звучало как Хухлыня или Хухлын.

Корень фамилии — хухл-. В русских говорах это слово имеет несколько значений, и все они нелестные. В словаре Владимира Даля «хухля» — это хилое, тщедушное существо, заморыш. В архангельских и сибирских говорах «хухляк» — плохая, худая одежонка, рубище, а также неопрятный, неряшливый человек. Прозвище Хухлыня могли дать либо болезненному, слабому человеку, либо тому, кто ходил в обносках и не следил за собой.

Версия с иноязычным корнем маловероятна, хотя фамилия звучит нестандартно для центральной России. Гораздо правдоподобнее, что она возникла в северных или северо-восточных регионах, где диалектное слово «хухля» было в ходу. Поскольку суффикс -ин указывает на прозвище отца, носитель фамилии — потомок того самого Хухлыни, человека, которого в деревне прозвали за внешний вид или хрупкое здоровье.

Фамилия редкая. По сословной принадлежности её носители — почти наверняка крестьяне или посадские люди, поскольку дворянские фамилии такого корня не фиксируются. В документах XVII–XVIII веков, если бы они сохранились, Хухлынин скорее всего значился бы как крестьянин или ремесленник из северных уездов. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией нет, что только подтверждает её сугубо народное, прозвищное происхождение.