Фамилия Кинареева — женская форма от Кинареев, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Формант -еев (а не более частый -ов или -ин) указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или на -й. В данном случае основа, скорее всего, Кинарей — прозвище или неканоническое имя, от которого через притяжательное прилагательное («чей?» — Кинареев) и образовалась фамилия. Ударение, судя по распространённому произношению, падает на третий слог: Кинаре́ева.

Корень «кинар-» неочевиден и может восходить к нескольким источникам. Самая прямая версия — от тюркского слова «кинар» (кынар), которое в ряде тюркских языков означает «край», «берег», «опушка». Прозвище Кинарей могли дать человеку, жившему на краю села, у реки или на границе земель. Вторая версия — от диалектного русского «кинарь» или «кинарка» — так в некоторых говорах называли сорт груши или яблока, а также, по данным словаря В. Даля, — вид мелкой рыбы. В этом случае прозвище могло относиться к садоводу, торговцу фруктами или рыбаку.

Встречается и более редкая гипотеза, связывающая основу с греческим именем Кинар (Κίναρ), но для русской фамилии это маловероятно — такие имена не были распространены в крестьянской среде. Куда правдоподобнее, что Кинареев — это переоформленное тюркское прозвище: в русских документах XVI–XVII веков фиксировались аналогичные фамилии (Кинаров, Кинаев) у служилых людей и крестьян южных уездов.

Географически фамилия редкая, но встречается в Поволжье и на Южном Урале — в зоне активных русско-тюркских контактов. Это косвенно подтверждает тюркскую версию происхождения. Социально предки Кинареевых могли быть как крестьянами-однодворцами, так и посадскими людьми — точных данных о сословной принадлежности нет, но суффикс -еев характерен для фамилий, возникших в XVI–XVII веках в среде незнатного населения.

Таким образом, фамилия Кинареева скорее всего произошла от прозвища Кинарей, данного по месту жительства («живущий на краю») или по роду занятий (садовод, рыбак). Тюркское происхождение основы кажется более обоснованным, чем славянское, но окончательный ответ дал бы только анализ конкретной семейной истории.