Фамилия Кирдишкин образована от прозвища Кирдишка. Его основу, слово «кирд», скорее всего, связывают с обозначением общего стада овец. Такое стадо на артельных началах формировали 8–10 крестьян и «десятинщиков» — владельцев небольших отар. Вероятнее всего, предок Кирдишкиных участвовал в подобном объединении, за что и получил прозвище. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — сын Кирдишки.

Есть и другая, менее вероятная версия: прозвище могло восходить к мордовскому мужскому имени Кирдаш. Оно происходит от глагола «кирдемс» — «терпеть» или «держать». Однако основная гипотеза — овцеводческая — выглядит убедительнее, поскольку опирается на конкретный хозяйственный уклад, хорошо известный в русской деревне. Фамилия, таким образом, закрепилась за потомком человека, которого в округе знали по его причастности к артельному овцеводству.