Фамилия Кирдишкины — редкий пример, где за основу могло взяться не имя и не профессия, а сугубо хозяйственное понятие. Скорее всего, прозвище Кирдишка дали человеку, который участвовал в «кирде» — так в некоторых русских говорах называли общее стадо овец, собранное на артельных началах. Владельцы небольших отар (их называли «десятинщиками») объединяли скот, чтобы нанимать одного пастуха, и член такого объединения получал прозвище по этой примете. Суффикс -к- в основе (Кирдиш-к-а) типичен для обиходных, бытовых прозвищ в среде крестьян и посадских людей.

Менее вероятна, но не исключена версия, связывающая фамилию с мордовским (эрзянским) именем Кирдаш, которое происходит от глагола «кирдемс» — «терпеть, держать». В этом случае фамилия была бы не русской по происхождению, а обрусевшей формой личного имени, но такая гипотеза слабее, потому что не объясняет появления суффикса -ишк- в русской передаче.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Кирдишк- прибавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Кирдишки). Окончание -ы (Кирдишкины) — форма множественного числа, характерная для фамилий, обозначающих целый род или семейство. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии на -ины нередко встречались у государственных и помещичьих крестьян центральных губерний, особенно там, где было развито овцеводство. Точное место возникновения фамилии не установлено, но логично искать её следы в районах рязанского и тамбовского пограничья, где сталкивались русские и мордовские говоры.