Фамилия Киршенков — редкий случай, когда исходное слово не славянское, а немецкое или идиш. В основе лежит «киршен» — «вишнёвый» (от нем. Kirsche — вишня). В России такую фамилию могли дать выходцам из немецких колоний или еврейским переселенцам, которых записывали на слух: вместо «Киршен» добавляли русский патронимический суффикс -ов, и получался Киршенков — буквально «потомок того, кого прозвали Вишнёвым».

Но есть и другая, более прозаичная версия. В южнорусских говорах слово «киршен» могло означать не плод, а самого человека: так называли торговца вишней или садовода, который разводил вишнёвые сады. Тогда Киршенков — сын такого садовода, и фамилия связана с ремеслом, а не с этническим происхождением. Оба варианта правдоподобны, но первый (немецко-еврейский) встречается в документах чаще.

Суффикс -ов указывает на позднее оформление фамилии, скорее всего в XIX веке, когда крестьянам и мещанам массово присваивали фамилии по отчеству. Если предок был немцем-колонистом, его могли записать как Киршен (без суффикса), а его дети уже получали русское окончание -ов. В метрических книгах Саратовской и Самарской губерний, где селились поволжские немцы, встречаются и Киршены, и Киршенковы.

Редкость фамилии объясняется тем, что исходное прозвище не было распространённым. В современной России Киршенковых немного — больше всего в Москве, Санкт-Петербурге и Краснодарском крае, куда в XX веке переезжали потомки немецких колонистов. Спорных версий, кроме двух названных, нет: связывать фамилию с церковным именем Кир (как Кирилл) нельзя — вторая часть «шен» не объясняется.