Фамилия Киршенкова — женская форма фамилии Киршенков, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ов/-ев типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имен, оканчивающихся на согласный. В основе лежит слово «киршен» — это нестандартное, диалектное или искажённое произношение, которое напрямую отсылает к немецкому «Kirschen» (вишня). Вероятнее всего, прозвище Киршен или Киршень дали человеку, связанному с вишней: садоводу, торговцу ягодами, владельцу вишнёвого сада. В южнорусских и украинских говорах, где влияние немецких колонистов было заметно, слово могло закрепиться как бытовое название вишни.

Есть и другая версия, менее очевидная. Фамилия могла возникнуть от немецкой фамилии Киршен или Киршнер, которую русифицировали, добавив типичное русское окончание -ов. Немцы-колонисты селились в Поволжье, на юге Украины и в Причерноморье, и их фамилии нередко адаптировались в русской среде. Киршен (Kirschen) в немецком — это форма множественного числа от Kirsche, то есть «вишни», что снова возвращает нас к садоводческому или торговому занятию. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия Киршенков встречается в регионах бывшего расселения немцев: в Волгоградской, Саратовской областях, а также в Краснодарском крае.

География фамилии подсказывает, что предки Киршенковых могли быть как русскими крестьянами, перенявшими немецкое слово для прозвища, так и обрусевшими немцами. В документах XIX века фамилия фиксируется в основном среди крестьянского и мещанского сословий. Ударение в фамилии — на второй слог: Кирше́нкова. Это характерно для фамилий, где основа заимствована и сохраняет иноязычный акцент.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт дополнительный контекст. Киршов, Киршев, Киршин — все они восходят к тому же корню «кирш-» (вишня), но через разные словообразовательные модели. Киршенков стоит особняком: суффикс -енк- в основе (Киршенк-ов) указывает на уменьшительную или патронимическую форму — «сын Киршенка», то есть человека по прозвищу Киршенок. Это делает фамилию более сложной по структуре, чем, например, Киршов, и говорит о том, что прозвище было не просто «вишня», а «вишенка» — возможно, так называли человека небольшого роста или с румяными щеками.