Фамилия Киршеева образована от мужского имени Киршей, которое представляет собой народную форму крестильного имени Кирилл. В русских говорах имя Кирилл нередко трансформировалось в Кирша, Киршай, а затем и в Киршей — через типичный для разговорной речи суффикс -ей (сравните: Матвей, Тимофей). Основа имени восходит к греческому «кириос» — «господь, владыка», так что исходное значение фамилии — «потомок господина» или «принадлежащий Кириллу».

Суффикс -ев в фамилии указывает на её происхождение от отчества: Киршеев сын — Киршеев, а в женском роде — Киршеева. Такая модель в XVI–XVII веках была распространена в центральных и южных областях России, где «Кирша» звучало привычнее, чем полное церковное имя. В северных и сибирских говорах, кстати, чаще встречались формы Киршин, Киршинов.

Ономастический словарь Б. Унбегауна относит подобные фамилии к группе, образованной от уменьшительных форм канонических имён. Спорных версий здесь нет: попытки связать Киршеева с тюркским «кирша» (грязь, сор) или с каким-либо ремеслом — натяжки, поскольку имя Кирилл в народе давало множество вариантов, и Киршей — один из самых типичных.

Носители фамилии традиционно встречаются в Поволжье и на Урале — регионах, где имя Кирилл было популярно среди крестьян и посадских людей. В дореволюционных переписях Киршеевы чаще всего числились государственными крестьянами или мещанами, реже — купцами. Сословной исключительности у фамилии нет: она из тех, что указывают на происхождение от конкретного человека по имени, а не на профессию или место жительства.