Фамилия Киршенкин — один из тех случаев, когда за необычным звучанием скрывается вполне ясная история. В её основе лежит имя Кирша — одна из народных, обиходных форм крестильного имени Кирилл. Само имя Кирилл восходит к древнегреческому «kyrios», что значит «господин, владыка», а уменьшительный суффикс придавал ему значение «маленький господин». Так что предок носителя этой фамилии был человеком, которого в быту звали не полным именем, а его сокращённым вариантом — Кирша.

Обратите внимание на суффикс: не «-ин», а «-енкин». Это не опечатка и не случайность. В русской ономастике суффикс «-енк(а)» встречается в основном на юго-западе — в украинских и белорусских землях, где он образует уменьшительно-ласкательные формы имён. «Киршенка» — это «маленький Кирша», а Киршенкин, соответственно, «сын Киршенки». Такая двойная ступень уменьшительности (Кирша → Киршенка → Киршенкин) встречается реже, чем простая модель «Кирша + -ин», и выдаёт в фамилии южнорусское или западнорусское происхождение. Возможно, предки жили на границе великорусских и малорусских говоров.

Морфологически фамилия устроена так: корень «Кирш-», суффикс «-енк-» (указывающий на малое, младшее лицо) и окончание «-ин», которое в русской модели означает принадлежность. То есть буквально: «чей? — Киршенкин», то есть из семьи того, кого звали Киршенка. В документах XVII–XVIII веков можно встретить варианты написания через «а» — Каршенкин, но это скорее диалектное «аканье», а не отдельная этимология.

Других версий происхождения, кроме как от имени Кирилл через форму Кирша, у фамилии нет. Соблазнительно связать её с немецкой фамилией Кирхен (Kirche — «церковь») или еврейским Киршенбаум («вишнёвое дерево»), но для этого нет оснований: суффикс «-енкин» — чисто славянский, и корень «Кирш-» в русских говорах устойчиво ассоциируется именно с именем Кирша. Так что перед нами типичная «патронимическая» фамилия, образованная от разговорной формы христианского имени.