Фамилия Киршенкин происходит от христианского мужского имени Кирилл, которое восходит к древнегреческому «kyrios» – «господин, владыка». Имя Кирилл является уменьшительной формой от Кир и поэтому переводится на русский язык как «маленький господин». Имя Кирилл имело ряд производных форм, одна из которых — Кирша — и легла в основу данной фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Кирша, со временем получил фамилию Киршенкин.