Фамилия Киршенин — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а немецкая или еврейская, но оформлена она по русской модели с суффиксом -ин. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать два варианта: что лежит в корне и как фамилия закрепилась.

Самый вероятный путь — от немецкой фамилии Kirsch или её производных. Kirsch по-немецки значит «вишня», а также «вишнёвая наливка» (Kirschwasser). Прозвище Kirch или Kirsch могло относиться к человеку, жившему возле церкви (Kirche), но в случае с Киршениным чаще указывают на «вишнёвый» смысл. В России немецкие колонисты, особенно в Поволжье, нередко получали фамилии по роду занятий или местности, а их потомки, переходя в русскую среду, обрастали типичными суффиксами. Так Kirsch превращался в Киршева, Киршова, а с добавлением уменьшительного или патронимического элемента — в Киршенина. Суффикс -ин в данном случае работает как притяжательный: «чей?» — Киршенин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Кирша (усечённая форма от Кирш).

Вторая версия, менее надёжная, но имеющая право на существование, — от крестильного имени Кирилл. В просторечии его нередко сокращали до Кирша, Кирюша, Кирша. Тогда Киршенин — «сын Кирши», то есть потомок Кирилла. Однако такая модель образования (Кирша + -ин) дала бы фамилию Киршин, а не Киршенин. Удвоение «ен» наводит на мысль, что основа была не односложной, а двусложной — Киршень или Киршеня. Это могло быть прозвище от того же немецкого Kirsch, но в уменьшительной форме: Kirschen (немецкое множественное число «вишни») или Kirschchen («вишенка»). Переселенцы нередко адаптировали фамилии, меняя окончания под русский слух.

Географически фамилия Киршенин встречается крайне редко, её очаги — в Поволжье (Саратовская, Волгоградская области) и на Урале, куда в XVIII–XIX веках ссылали немецких колонистов. Если предки были поволжскими немцами, то род их занятий — сельское хозяйство или садоводство, а сама фамилия могла быть не прозвищем, а указанием на место: деревня Киршен, где жили выходцы.

Спорных версий здесь две, и более убедительной выглядит немецкая: она объясняет необычное сочетание «шн» в основе и редкость фамилии. Русское происхождение от Кирилла проще, но необъясняет, зачем понадобился лишний слог «ен».