Фамилия Киршеев — редкий случай, когда ясна не только модель образования, но и исходное прозвище. Она построена по типичной восточнославянской модели с суффиксом -ев: от основы Кирш- (прозвище или имя) через притяжательное прилагательное «Киршеев сын» к фамилии. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий или шипящий согласный, что здесь и происходит.

Самая вероятная основа — прозвище Кирш. В русских говорах словом «кирш» (или «кирша») называли глиняный кувшин для молока или кваса, а также небольшой горшок. Человек мог получить такое прозвище за схожесть с сосудом — коренастый, плотный, приземистый, — или за то, что торговал глиняной посудой. Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «киршить» — ковылять, ходить вперевалку. В этом случае прозвище давали человеку с характерной походкой.

Версия о происхождении от крестильного имени маловероятна. Православные святцы не знают имени Кирилл в форме «Кирш»; это не каноническое сокращение. Зато в польском и украинском языке слово «kierz» (куст, кустарник) могло дать прозвище Кирш, но для России такое заимствование — редкость.

Географически фамилия Киршеев встречается спорадически, без ярко выраженного гнезда. Единичные записи есть в Поволжье и центральных областях, но это не массовая фамилия. По сословной принадлежности предки, скорее всего, относились к крестьянам или посадским людям — прозвище от бытового предмета или особенности внешности типично для этих групп, а не для дворянства.

Таким образом, Киршеевы — потомки человека по прозвищу Кирш, которого так назвали за внешнее сходство с кувшином, за профессию горшечника или за манеру ходить. Первая версия — самая прямая и правдоподобная.