Фамилия Кисенковы, как и многие русские фамилии, ведет свою историю от личного имени или прозвища. Основа здесь — имя Кис. Если копнуть глубже, выясняется, что это мирское имя, которое давали ребенку, чтобы «задобрить» природу: в украинском языке «кiс» означает «черный дрозд». Считалось, что, называя сына птичьим именем, родители передают ему часть свойств этой птицы — звонкость, свободу, связь с лесом.

Но есть и другая, более прозаичная версия. Кисой, или Кисой, в народе называли хитрого, себе на уме человека, этакого подлизу. Тут же всплывает и «кошачья» тема: «киса» — ласковое название кошки, а заодно и прозвище для того, кто умеет вилять и приспосабливаться. Однако слово «киса» имело и вполне конкретное, материальное значение: так называли кошель, мешок с затяжкой, а в переносном смысле — деньги и достаток. Поэтому прозвище Киса могло прилипнуть к зажиточному крестьянину или к ремесленнику, который такие мешки шил.

Фамилия образована с помощью суффикса -енко-, что прямо указывает на ее украинские корни. В русском языке чаще использовали бы суффикс -ов/ев, но форма Кисенковы говорит о том, что фамилия складывалась на землях, где было сильно украинское влияние. Потомок человека по прозвищу Киса или с мирским именем Кис со временем стал Кисенковым. Когда и где именно это произошло, сейчас сказать трудно: фамилии формировались веками, и точную дату установить невозможно.