Фамилия Кисенькова — женская форма от Кисеньков, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ов/-ев типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён, но здесь мы видим необычную основу «Кисень». Это не полное имя и не очевидное ремесло; скорее всего, перед нами уменьшительно-ласкательная форма от прозвища Кислый или Кисляй.

В диалектах и старой русской речи «кислый» могло означать не только вкус, но и характер — угрюмого, вялого, недовольного человека. Однако прозвища давали не за один недостаток: иногда «Кислым» называли того, кто любил квашеное, работал с закваской или жил возле болотистого места («кислая» земля). Суффикс -ень- в основе — характерный уменьшительный, как в словах «маменька», «батенька»: Кисень — это «маленький Кислый» или, вероятнее, сын Кислого. То есть Кисеньков — буквально «чей-то сын Кисеня», внук Кислого.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с редким нецерковным именем Кисень, которое могло быть производным от глагола «кисать» (в некоторых говорах — «бродить», «скисать»). Но подтверждений этому в ономастических словарях почти нет. Б. Унбегаун в «Русских фамилиях» упоминает фамилии на -еньков как характерные для южновеликорусского ареала, особенно для Курской, Орловской и Воронежской губерний. Там же часто встречаются фамилии с основой «Кис-»: Кислов, Кисляков, Кислин. Кисеньков — более редкий вариант, который мог закрепиться в одной локальной ветви.

Географически фамилия Кисенькова сегодня встречается преимущественно в центральных и южных областях России, а также на Украине. В дореволюционных метрических книгах её носители чаще всего были крестьянами или мещанами — фамилия не имеет дворянских корней и не восходит к знатным родам. Таким образом, предки современного носителя фамилии — скорее всего, люди из крестьянской среды, получившие прозвище по характеру или роду занятий, а потом закрепившие его в фамилии через поколения.