Фамилия Кисленков — это отчество второго порядка, то есть «внучья» фамилия. Она образовалась по цепочке: прозвище Кислый → фамилия Кисленко (с украинским уменьшительным суффиксом -енко, означающим «сын» или «потомок») → и наконец Кисленков, то есть «сын Кисленко» и, соответственно, «внук Кислого». Суффикс -ов в финале — стандартный русский патронимический суффикс, который присоединился к украинской основе, когда носители фамилии оказались в русской среде. Именно эта двойная модель — сначала украинский суффикс, потом русский — и отличает Кисленковых от более простых однокоренных фамилий вроде Кислова.

Основа фамилии — прозвище Кислый. У него два основных объяснения. Первое, самое прямое: прозвище давали человеку, связанному с квашением и солением — изготовителю или продавцу квашеных продуктов, кислых щей, солений. Второе, переносное: «кислым» в народе называли вялого, медлительного или скупого на эмоции человека. Какая из версий верна для конкретного предка, сказать трудно, но профессиональное прозвище для ремесленника (особенно в торговых и казачьих регионах, где украинское влияние было сильным) встречается не реже, чем бытовое.

Географически фамилия Кисленков указывает на южнорусские или украинские корни. Суффикс -енко характерен для фамилий, сложившихся на территории современной Украины и прилегающих областей России (Курская, Белгородская, Воронежская, Ростовская области). Если предки носили фамилию Кисленко, а затем, при переселении или при документальном оформлении в российских губерниях, получили русское окончание -ов, это объясняет, почему фамилия выглядит как типичная русская, но хранит украинский след.