Фамилия Кислеков — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений. Её ядро — слово «кислый», а суффикс -ек- указывает, что исходное прозвище звучало как Кислек или Кисляк. В русском языке суффикс -ек- часто придаёт уменьшительно-ласкательный оттенок или обозначает носителя признака. Таким образом, Кислек — это человек с кислым выражением лица, ворчливый, либо тот, кто любит или производит кислые продукты (квас, щи, соленья).

Притяжательный суффикс -ов добавляется к основам на согласный, образуя фамилию по стандартной модели: «чей?» — Кислеков, то есть сын или потомок Кислека. Эта модель типична для центральной и южной России, где фамилии на -ов доминируют. В северных и сибирских говорах могла бы возникнуть форма Кислеков, но с другим ударением, а в украинском или белорусском варианте — Кислеків.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения. Она встречается точечно, преимущественно в Курской, Белгородской и Воронежской областях, а также среди потомков переселенцев на Урале. Это говорит о том, что родоначальник был местным жителем, а не выходцем из столиц. В документах XVII–XVIII веков можно найти прозвище Кислой — так называли угрюмых людей или тех, кто занимался квашением капусты. Но форма Кислек встречается реже, что делает фамилию Кислеков более узкой и локальной по происхождению.

Второй возможный корень — через диалектное слово «кислёк», означающее щавель или кислую траву. В этом случае прозвище Кислек мог получить человек, собиравший или торговавший щавелем, либо живущий у зарослей кислицы. Версия с растением менее вероятна, но не исключена, особенно для южных регионов, где щавель входил в повседневный рацион.

Сословная принадлежность предков Кислековых, скорее всего, крестьянская или однодворческая. Фамилия не книжного происхождения, не от имени святого, а от бытового прозвища — такие фамилии обычно носили люди, не входившие в дворянство. Встречаются единичные упоминания Кислековых среди казаков Войска Донского, но это скорее исключение.