Фамилия Кисленко образована от прозвища Кислый, но её суффикс -енко указывает на конкретную модель: это типичная украинская или южнорусская фамилия, означающая «потомок Кислого» или «маленький Кислый». В старину в тверских и псковских говорах Кислым называли вялого, болезненного человека, а также капризного, плаксивого ребёнка. Однако в народной среде это прозвище могло указывать и на род занятий предка: Кисляком или Кислым называли того, кто при поезде хозяина везёт хмельное и потчует поезжан и встречных — особенно на свадьбе. Такая роль была заметной и почётной, поэтому прозвище легко закреплялось.

Хотя основа Кисл- встречается во многих русских фамилиях (Кислов, Кислых, Кисляков), именно вариант с суффиксом -енко характерен для территорий, где складывалась казачья и крестьянская антропонимия: Левобережная Украина, Слобожанщина, южные уезды России. Фамилия Кисленко фиксируется в реестрах запорожских казаков и в метрических книгах Харьковской, Полтавской и Екатеринославской губерний. Позже прозвище Кислый, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Таким образом, носитель фамилии Кисленко — потомок человека, которого в своём окружении знали по характерной черте характера или по свадебной должности.