Фамилия Кисличенко образована по распространённой в украинской и южнорусской традиции модели с суффиксом -енко, который первоначально означал «сын» или «потомок». В основе фамилии лежит прозвище Кислич, от которого с помощью этого патронимического суффикса и возникло семейное имя Кисличенко — «сын Кислича».

Само прозвище Кислич восходит к глаголу «кислить», то есть «делать что-либо кислым». Однако не стоит понимать его буквально, как указание на занятие квашением или приготовлением кислой пищи (хотя и такой вариант возможен). Скорее всего, прозвище имело иносказательный смысл: так могли назвать человека с кислым, недовольным выражением лица или ворчливого по характеру. В народной среде такие бытовые характеристики легко закреплялись в качестве уличных имён.

Кроме того, не исключено, что прозвище Кислич выполняло так называемую «охранительную» функцию и использовалось в качестве оберега. В языческой традиции восточных славян родители нередко давали ребёнку имя с отрицательным или некрасивым значением, чтобы отвлечь от него злых духов. В данном случае, надеясь иметь здорового и жизнерадостного мальчика, родители назвали его Кисличем — то есть «кислым», чтобы настоящий, счастливый ребёнок остался незамеченным для нечистой силы. Со временем прозвище Кислич, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах.

Интересно, что у фамилии Кисличенко есть и «растительная» версия происхождения: от названия травы кислицы (народное название щавеля или заячьей капусты). В этом случае прозвище Кислич мог получить человек, живший возле зарослей кислицы, либо собиравший и продававший эту зелень. Однако более правдоподобным выглядит происхождение от личной характеристики — антропонимические модели всегда преобладают над топографическими в крестьянской среде.

Фамилия Кисличенко характерна для центральных и восточных областей Украины, а также для юга России, куда переселялись украинские крестьяне. Встречаются и родственные фамилии: Кислич, Кислицын, Кисляков — все они восходят к тому же корню, но образованы разными суффиксами, что указывает на разные регионы и эпохи закрепления фамилий.