Фамилия Кисилишина — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище или имя, а, скорее всего, тюркское слово, связанное с профессией или социальным положением. При этом написание фамилии говорит о её позднем происхождении и сильном влиянии местных говоров.

Разберём корень. Вероятнее всего, он восходит к тюркскому «киси» (человек, мужчина) или его вариантам. В казахском, татарском, башкирском языках «кеше» или «киши» означает «человек», «лицо». Если добавить к этому суффикс -ли (обладающий чем-то), получится «кисили» — «имеющий человека», «человечный». Но это не прозвище, а скорее указание на того, кто «держит людей» — то есть на хозяина, владельца, управляющего. В тюркской среде так могли называть зажиточного крестьянина, старосту или даже мелкого чиновника, который имел в подчинении несколько работников.

Суффикс -шин (в мужском роде Кисилишин) — это русский патронимический суффикс, который в южнорусских и украинских говорах часто заменял стандартное -ов/-ев. Он указывает на принадлежность: «сын Кисилиши» или «человек из семьи Кисилишей». В женском варианте фамилия сохранила форму родительного падежа: Кисилишина — «жена или дочь Кисилишина».

Географически фамилия тяготеет к зонам активного русско-тюркского пограничья: Поволжье, Урал, Западная Сибирь. Там, где татарские и башкирские говоры смешивались с русскими диалектами, и возникали такие необычные словообразовательные модели. В центральной России фамилия с суффиксом -шин встречается реже, а с основой «кисили-» — практически уникальна.

Двойное -и в корне (Кисилишин, а не Кисилишин или Кесилишин) — это, скорее всего, результат «народной этимологии» или описки при записи в метрических книгах. Первичная форма могла быть Кеселишин или Кесилишин, где «кесе» (тюркск. «кусок», «часть») или «кеси» (резать) давали бы иное значение — «сын резчика» или «сын того, кто делит». Но написание с «и» закрепилось, и сейчас фамилия читается именно как Кисилишина.

Таким образом, носитель фамилии Кисилишина с большой вероятностью происходит из семьи, где предок по мужской линии был либо «человеком, имеющим людей» (управляющим, хозяином), либо его прозвище было связано с тюркским корнем, который при записи в русских документах приобрёл необычную, но устойчивую форму.