Фамилия Кислюнин — редкий пример «вкусовой» фамилии, образованной от прозвища Кислюня. Основа здесь — глагол «кислить», то есть делать что-то кислым, скисать. Прозвище могло относиться к человеку с кислым выражением лица, брюзгливому или просто любителю кислой пищи. Но есть и вторая, более любопытная версия: в народе такие имена давали как оберег. Считалось, что если назвать ребёнка Кислюней, злые духи не позарятся на «неаппетитное» имя, и мальчик вырастет здоровым и жизнерадостным — вопреки прозвищу.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кислюнин буквально означает «сын Кислюни». Это типичная восточнославянская модель, самая распространённая в северных и центральных регионах России. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от имён на твёрдый согласный, -ин крепился к основам на -а/-я. Поэтому Кислюнин — не исключение, а точное следование грамматике.

Однокоренных фамилий немного: Кислов, Кисляков, Кислин — все они ведут родословную от того же «кислого» корня. Но Кислюнин стоит особняком благодаря уменьшительно-ласкательному суффиксу -юн-. Такая форма (Кислюня) характерна для бытовых, домашних прозвищ, которые давали не для документов, а в кругу семьи или деревни. Позже, при переходе в официальную фамилию, она закрепилась именно в этом «детском» варианте.

Встречаемость фамилии невысока. Поиск по открытым данным показывает, что Кислюнины живут в основном в Поволжье и на юге Урала, с редкими вкраплениями в Сибири. Это говорит о том, что фамилия не получила широкого дворянского распространения, а осталась крестьянской или мещанской, что типично для прозвищных фамилий без патронимической «знатности».