Фамилия Кислюнина образована от прозвища или имени Кислюня. В её основе — прилагательное «кислый», которое в русских говорах имело не только вкусовое значение, но и переносное: так могли назвать ворчливого, угрюмого или плаксивого человека. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кислюнин — сын Кислюни.

Модель образования — типичная для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко распространены. В отличие от южнорусских фамилий на -ов, здесь работает принцип «чей?»: Кислюнин означает «чей-то из семьи Кислюни». Сама основа Кислюня — это уменьшительно-ласкательная форма, возможная как для мужского, так и для женского прозвища. В старину такие имена-характеристики давали без привязки к полу: кислым могли назвать и мужика, и бабу за соответствующий нрав.

Есть и другая версия, менее вероятная: связь с диалектным словом «кислятина» — что-то кислое, неприятное на вкус. Но в основе фамилии чаще лежит прозвище человека, а не предмета. Прямой связи с профессией или ремеслом у Кислюниных нет — это чисто бытовая, характеризующая фамилия.

Стоит обратить внимание на написание: фамилия пишется с двумя «н», что фиксирует ударный суффикс принадлежности. Встречается вариант Кислюнина, но он грамматически неверен — при исходной основе на -я суффикс -ин даёт именно такое удвоение. Географически фамилия тяготеет к Вологодской, Костромской и Архангельской областям — регионам, где бытовали прозвища на -уня, -юня.