Фамилия Кислюнины — это отчество второго порядка, образованное от прозвища Кислюня через притяжательное прилагательное: сначала Кислюнин сын, затем просто Кислюнин. В основе лежит глагол «кислить», то есть делать что-то кислым или прокисать. Прямых ремесленных связей у этого корня нет: маловероятно, что предок занимался квашением или был виноделом, потому что в русских говорах «кислый» чаще относилось к характеру, а не к занятию.

Прозвище Кислюня могли дать человеку с кислым, недовольным выражением лица или тому, кто любил брюзжать. Однако есть и вторая, более интересная версия — охранительная. В народной традиции имя-оберег давали ребёнку с противоположным значением: называли Кислюней, чтобы отвести от него злых духов и вырастить здоровым и весёлым. Это объяснение правдоподобнее, потому что в русской ономастике известны десятки подобных прозвищ-оберегов (Некрас, Немил, Злоба).

Словообразовательная модель здесь редкая: суффикс -юн- образует прозвища от глагольных основ (ср. ворчун, молчун, визгунья). Форма Кислюня — это субстантивированное прилагательное женского рода, что тоже характерно для прозвищ: так называли и мужчин, и женщин, но в фамилию вошла именно мужская ветвь.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — там, где сохранились архаичные формы на -юн. В переписях XIX века Кислюнины встречаются в Вологодской и Костромской губерниях, но массовой эта фамилия никогда не была. О точном месте и времени её возникновения говорить сложно: процесс формирования фамилий был длительным, а письменных фиксаций прозвища Кислюня почти не сохранилось.

Фамилия Кислюнин — памятник славянской антропонимии, в котором соединились древняя охранительная магия и живой народный говор.