Фамилия Киссел — одна из тех, что попали в Россию вместе с немецкими переселенцами, и её происхождение связано с прозвищем, а не с крестильным именем. В основе лежит северно-немецкое слово küsel. В прямом смысле это «волчок» (игрушка, которая крутится), а в переносном — «приземистый, но проворный человек». Скорее всего, первый носитель такого прозвища был энергичным, подвижным, жизнелюбивым — эта версия выглядит самой правдоподобной, потому что слово хорошо вписывается в модель немецких прозвищ по характеру.

Есть и альтернативное объяснение, но оно слабее. По нему фамилия восходит к южно-немецкому kuose — «овцы». Тогда прозвище дали бы по профессии: человек разводил овец или пас их. Третья версия, совсем редкая, выводит Киссел из kosa («серп»). Так могли назвать того, кто делал серпы или постоянно работал ими. Но эта гипотеза спорная — фонетически переход от «коса» к «Киссел» менее естественен, чем от «küsel» или «kuose».

Фамилия образована без типичного русского суффикса, что сразу указывает на её иноязычное происхождение. В Германии фамилия Kissel встречается в разных вариантах написания (Kissel, Küssel), и в Россию она попала, скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда в Поволжье и Причерноморье приглашали немецких колонистов. Поэтому искать корни фамилии Киссел стоит не в центральной России, а в бывших немецких поселениях — Саратовской, Самарской губерниях или на юге Украины.