Фамилия Кистрюга — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она имеет прозвищное происхождение, и её корни следует искать в диалектной лексике северных или сибирских говоров. Словообразовательная модель указывает на суффикс -юг-а, который в русских фамилиях встречается нечасто. Такой суффикс характерен для прозвищ, образованных от глаголов или существительных, и придаёт слову оттенок действия или свойства (сравните: «вертлюга» от «вертеть», «скрипуга» от «скрипеть»). Фамилия на -а, не склоняемая по мужскому роду в старом употреблении, часто указывает на украинское или южнорусское происхождение, но в данном случае, из-за редкости, нельзя исключать и северные диалекты.

Наиболее вероятная версия связывает основу «кистр-» с диалектным глаголом «кистрить» или «кистрять». В архангельских и вологодских говорах это слово означало «делать что-либо небрежно, кое-как», «ерзать», «суетиться без толку». Соответственно, Кистрюгой могли прозвать непоседливого, суетливого человека или того, кто работал спустя рукава. Есть и более прозаичная версия: в тех же говорах «кистра» — это кузов, короб или плетёная корзина. Тогда прозвище могло закрепиться за корзинщиком, торговцем коробами или за человеком, который носил с собой такую поклажу.

Менее убедительна, но возможна связь с прибалтийско-финскими языками, где похожие корни встречаются в названиях растений или предметов. Однако для фамилии, бытующей в русской среде, такая версия остаётся гипотетической без конкретных документальных подтверждений. Фамилия не встречается в массовых списках дворянских родов или купеческих гильдий, что говорит о её крестьянском или мещанском происхождении. Географически Кистрюга — фамилия точечная, её носители встречаются в основном на Русском Севере и в Сибири, куда переселенцы уходили в XVII–XIX веках. Написание фамилии устойчивое, без вариантов, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы встретили Кистрюгу в метрической книге, скорее всего, это ваши родственники в пределах нескольких поколений.