Фамилия Клеенко — украинская по происхождению, что выдает суффикс -енко, типичный для фамилий, формировавшихся в центральных и восточных землях Украины. Этот суффикс означает «сын» или «потомок», то есть Клеенко — буквально «маленький Клей» или «сын Клея». Но что стоит за основой «Клей»?

Вероятнее всего, прозвище Клей дали человеку по профессии или по характеру. В старину клеем называли не только столярный клей, но и густой отвар из рыбьих пузырей или костей — его использовали в ремеслах, склеивании дерева, переплетном деле. Клеем могли прозвать мастера, который варил клей или работал с ним, например, столяра, бондаря или переплетчика. В переносном смысле прозвище могло закрепиться за человеком навязчивым, «прилипчивым», как клей, — такое значение встречается в народной речи.

Менее распространенная версия связывает фамилию с мирским именем Клей, которое давали ребенку по названию птицы или растения. Например, в диалектах «клей» иногда обозначало березу из-за ее клейких почек, а «клеить» — приставать, льнуть. Но эта гипотеза слабее, так как птица клей в русской и украинской орнитофауне не выделяется в отдельное прозвище.

Фамилия Клеенко встречается в основном в центральных регионах Украины — Черкасской, Полтавской, Киевской областях. В России она редка и чаще всего принадлежит потомкам украинских переселенцев. В XIX веке носители фамилии были преимущественно крестьянами или мещанами, а не казаками, так как украинские фамилии на -енко в казачьей среде чаще всего имели иную основу — от имен или военных прозвищ.

Интересно, что фамилия Клеенко не получила широкого распространения в польской или белорусской ономастике, где схожие модели образования (на -енко) встречаются реже. Это подчеркивает ее украинский характер и связь с ремесленным прозвищем, которое не стало массовым, но сохранилось в отдельных семьях.