Фамилия Клёнушкин — редкий случай, когда прозвище образовано не от дерева, а от его уменьшительно-ласкательной формы. В основе лежит слово «клён», но не в прямом значении, а в форме «клёнушка» — так в некоторых говорах называли молодой клён, кленок, либо ласково обращались к человеку с «древесным» прозвищем.

Модель образования прозрачна: суффикс -ушк- придаёт основе уменьшительность, а затем фамильный суффикс -ин присоединяется по схеме «чей?» — Клёнушкин, то есть сын или потомок Клёнушки. Такая форма встречается реже, чем Кленов или Клёнов, и указывает на более личное, почти домашнее прозвище. В крестьянской среде прозвища часто давали по внешним чертам: «клёном» могли назвать человека высокого, стройного, с кудрявыми волосами, напоминающими листья клёна, либо того, кто жил возле кленовой рощи или сажал клёны. Но если прозвище закрепилось в уменьшительной форме, оно могло относиться к младшему члену семьи или к человеку с мягким характером.

С точки зрения географии, фамилия Клёнушкин — русская, с явным северным или центрально-русским следом. Суффикс -ушк- характерен для говоров Владимирской, Костромской, Ярославской областей, где уменьшительные формы имен и прозвищ были особенно распространены. Встречается она и в Поволжье, но крайне редко. По данным открытых источников, носители фамилии живут в основном в Нижегородской и Кировской областях, а также в Москве.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт дополнительный ключ. Кленов — самая частая форма, от прямого названия дерева. Клёнин — от имени или прозвища Кленя. Клёнушкин же стоит особняком: он не от имени, а от ласкательной формы, что делает его похожим на «брата» фамилий Берёзушкин, Ольхушкин, Дубушкин. Все они образованы по одной модели, но Клёнушкин — самая редкая из них.

Социальный контекст: фамилия явно крестьянская, без дворянских корней. В ревизских сказках и переписях XVIII–XIX веков такие «древесные» фамилии часто давали по прозвищу, а не по роду занятий. Клёнушкин мог быть и плотником, и бортником, и просто крестьянином, чей дом стоял у кленовой рощи. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что только подтверждает её народное, не книжное происхождение.