Фамилия Клепаекова — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не ремесло, а скорее всего, характерный звук или действие. Если отбросить женское окончание -а, то перед нами мужская форма Клепаеков. Её ядро — глагол «клепать», который в русских говорах имел два основных значения: «ковать, соединять металл заклёпками» и, гораздо интереснее, «говорить вздор, болтать» или «клеветать» (отсюда же «клепать напраслину»). Второй вариант даже более вероятен для прозвища: Клепаем или Клепайкой в деревнях могли дразнить пустослова или сплетника.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Вместо привычного суффикса -ов (как в Кузнецов) мы видим формант -аек- (-аеков). Это уменьшительно-пренебрежительная форма: Клепай — Клепаек — Клепаеков, то есть «сын того, кого звали Клепайком». Такая цепочка встречается у фамилий, образованных от прозвищ на -ай (Ломай → Ломайков, Болтай → Болтайков). Суффикс -ек вносит оттенок несерьёзности: не просто болтун, а мелкий болтунишка.

Версия о происхождении от профессии клепальщика (мастера по заклёпкам) менее убедительна: ремесленные фамилии обычно образовывались напрямую: Клепальников, Клепачёв. Форма Клепаеков с уменьшительным суффиксом указывает скорее на личное прозвище, а не на профессиональный статус.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским говорам, где глагол «клепать» в значении «врать, наговаривать» был особенно употребителен. Встречается она нечасто, что подтверждает её прозвищное, а не массово-профессиональное происхождение. Носитель фамилии мог быть потомком человека, за которым в XVIII–XIX веках закрепилось насмешливое уличное имя Клепай или Клепаек — за привычку привирать или за острый язык.