Фамилия Клепус — редкий для русского уха пример балтийского происхождения, где за основу взято не имя и не ремесло, а вполне конкретное слово: латышское klepus, то есть «кашель». С точки зрения словообразования это чистая основа без славянских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу выдаёт её прибалтийские корни. В Латвии и Литве такие фамилии не редкость: многие из них образованы от природных явлений, небесных тел или растений — Rasa (роса), Audra (буря), Aidas (эхо), Gintaras (янтарь), Saule (солнце). Клепус стоит в этом ряду, но с неожиданной стороны: болезнь как имя.

Зачем называть ребёнка «кашлем»? Здесь работает древний суеверный обычай: чтобы отвратить злых духов, родители давали детям нарочито неблагозвучные или даже пугающие прозвища. Надеясь вырастить красивого и здорового мальчика, его нарекали Клепусом — как бы «защищая» от настоящей болезни. Это не единичный случай: в разных культурах встречаются прозвища от слов «хромой», «кривой» или «глухой», которые со временем становились фамилиями.

Есть и альтернативная версия, хотя она слабее. Прозвище Клепус могли связать с русским словом «клепа» — так называли небольшой капкан на куницу, лису или зайца, или с глаголом «клепать» — скреплять металл холодной ковкой. Если принять эту гипотезу, предок мог быть звероловом или кузнецом. Но против неё говорит то, что фамилия явно не вписана в русскую словообразовательную модель: в славянской среде от «клепы» скорее получили бы Клепин или Клепцов, а не Клепус. Балтийское происхождение выглядит правдоподобнее.

Первые письменные упоминания литовских и латышских фамилий встречаются с XV века, но устойчивая система сложилась только к концу XVIII столетия. При этом в балтийских языках фамилии часто передавались по мужской линии без изменений, а женские формы образовывались особым способом: у девушек — от основы фамилии отца с суффиксами -айт-, -ут-, -ют- и окончанием -е (например, Орбакас — Орбакайте), у замужних женщин — с суффиксом -ен- и окончанием -е (Варнас — Варнене). Так что носительница фамилии Клепус в Латвии могла бы звучать как Клепусе или Клепусене, в зависимости от статуса.

Искать носителей фамилии Клепус стоит прежде всего в Латвии и Литве, а также среди потомков балтийских переселенцев. В России она встречается редко и чаще всего как случайный привозной вариант.