Фамилия Клепусова — женская форма фамилии Клепусов, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем Клепус. В основе лежит древнерусское слово «клепать», которое имело несколько значений. Самое прямое — «ковать», «соединять металл заклёпками». Отсюда прозвище Клепус могли дать кузнецу, мастеру по металлу, который ставил заклёпки на доспехи, плуги или бочки. Однако у слова было и переносное значение: «клепать» означало «клеветать», «наговаривать». В этом случае Клепусом могли прозвать ябеду или сплетника. Третья версия, менее очевидная, связывает фамилию с диалектным «клеп» — обрубок, чурбан, что могло стать прозвищем коренастого, плотного человека.

С точки зрения словообразования, фамилия Клепусов типична для русского севера и центральных областей. Суффикс -ус встречается в прозвищах и фамилиях реже, чем -ов или -ин, и нередко имеет уменьшительно-ироничный оттенок (сравните: Горбун, Горбус; Мал, Малус). То есть Клепус — это не просто «клепальщик», а скорее «клепальщик-малый» или «клепальщичок». Такая модель характерна для фамилий, образованных от прозвищ, а не от крестильных имён.

Географически фамилия Клепусов (и Клепусова) встречается в основном в Поволжье и на Урале, особенно в Пермском крае и Свердловской области. Это косвенно подтверждает ремесленную версию: на Урале с XVII века активно развивалась металлургия, и кузнецы-клепальщики были востребованы. В переписных книгах XVIII века попадаются крестьяне и мастеровые с фамилией Клепусовы, что указывает на недворянское, скорее всего, посадское или крестьянское происхождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Клепачёв, Клепиков, Клепинин — показывает, что все они вышли из одного гнезда «клепать». Но если Клепиков чаще связывают с инструментом («клепик» — нож для резки кожи), то Клепусов прочно держится за образ кузнечного дела. Фамилия редкая, её носители — потомки, скорее всего, одного или нескольких родов мастеровых людей, разошедшихся по уральским заводам и окрестным сёлам.