Фамилия Клетухина образована от прозвища Клетуха, а оно, в свою очередь, восходит к слову «клеть». В старину клетью называли холодную половину избы — отдельную бревенчатую постройку без печи, где хранили припасы или спали летом. Слово «клетуха» или «клетушка» означало тесное помещение, маленький покойчик. Поэтому прозвище могло указывать на место жительства человека: тот, кто обитал в клети или в тесной комнате. Однако точнее, скорее всего, Клетухой называли не жильца, а того, кто проводил в клети много времени по работе: например, сторожа, приказчика или ремесленника, который запирался в холодной половине избы для какого-то дела. Так прозвище могло указывать на род занятий, а не только на скученность жилья.

Модель образования фамилии типична для северных и центральных русских говоров: суффикс -ин добавляется к основе на -а, -я (Клетух-а → Клетух-ин). Это указывает на то, что прозвище было широко распространено в бытовом общении, а не в документах — такие фамилии чаще возникали в крестьянской и мещанской среде, где человека называли по характерному признаку или месту.

Интересно, что фамилия Клетухин встречается в основном в Поволжье и на Русском Севере, где слово «клеть» и его производные сохранялись в местных говорах дольше, чем в южных регионах. Встречается и вариант написания с двумя «т» — Клеттухин, но это более редкая форма, возникшая, вероятно, под влиянием орфографической ошибки или местного произношения. Таким образом, фамилия Клетухина хранит не только память о конкретном предке, но и о бытовых реалиях русской деревни — о холодных клетях, где спали, работали и прятали добро.