Фамилия Клиновицкая — типичный пример фамилии, образованной от географического названия с помощью суффикса -ск-, характерного для польской и украинской шляхты, а также для русских дворянских и духовных фамилий. Основа здесь — топоним Клин, а суффикс -овицк- указывает на принадлежность к местности: «из рода тех, кто родом из Клина» или «из местности, связанной с Клином». Модель образования с -овицкий/-евицкий встречается реже, чем просто -ский, и часто подчёркивает конкретную родовую или местечковую привязку.

Самая прямая версия — происхождение от города Клин в Московской области. Этот город имеет долгую историю: в 1482 году его присоединили к Московскому княжеству, в 1569 году он сильно пострадал от опричнины, а в 1572 году Иван IV завещал сыну Ивану «Клин с волостями, селами и пошлинами». Позднее Клин был вотчиной дома Романовых, а с 1785 года стал уездным городом Московской губернии, получив регулярный план застройки. В 1851 году через Клин прошла одна из первых железных дорог России — Николаевская. Жители этого города или выходцы из него могли получить прозвание Клиновец, а их потомки — фамилию Клиновицкий (женская форма — Клиновицкая).

Однако не стоит исключать и другую, бытовую версию — от прозвища Клин. В основе лежит нарицательное «клин»: в земледелии так называли узкий участок поля, вклинивающийся в чужие владения. Человек, владевший таким наделом или живший на нём, мог получить прозвище Клин. От него через патронимический суффикс -ов- возникла фамилия Клинов, а форма Клиновицкий могла появиться как вторичное образование, под влиянием моды на фамилии с -ский среди духовенства или дворянства. Такое переоформление встречалось, когда крестьянскую или мещанскую фамилию «облагораживали», добавляя суффикс -ицк-.

Из двух версий географическая выглядит более убедительной: суффикс -овицк- чаще привязывается именно к названиям населённых пунктов, а не к личным прозвищам. Если бы фамилия произошла напрямую от прозвища Клин, ожидалась бы форма Клинов или Клинский, а не Клиновицкий. Таким образом, предки Клиновицких, скорее всего, были либо выходцами из города Клин, либо жителями села или деревни с похожим названием (например, Клиново или Клиновицы).