Фамилия Клинтеев образована от имени Клинтей — просторечной, бытовой формы крестильного мужского имени Климентий. Само имя Климентий восходит к греческому слову со значением «милостивый» или, по другой версии, «виноградная лоза». В народной среде длинные имена часто укорачивали, адаптируя к повседневному произношению, так и появился вариант Клинтей.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: к основе Клинтей- добавился патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Клинтеев, то есть сын Клинтея). Такая модель типична для фамилий, которые закрепились в центральных и северных регионах России, где формы на -ев встречаются чаще, чем на -ин.

По сути, фамилия Клинтеев — это ответ на вопрос «чей ты будешь?». Предок носителя фамилии, скорее всего, был крестьянином или посадским человеком, которого в документах записали по отцу — Клинтею. Полное церковное имя Климентий в народе давали нередко: оно было в святцах и встречалось у всех сословий, но просторечная форма Клинтей говорит о том, что семья жила в среде, где церковные нормы соседствовали с живым языком.

С точки зрения ономастики, фамилия довольно редкая. В отличие от массовых Климентовых или Клементьевых, форма Клинтеев сохранила именно диалектное звучание. Если сравнивать с однокоренными, то можно заметить, что вариант Клинтеев — более архаичный и локальный, чем, скажем, Климентьев. Это позволяет предположить, что предки носителей фамилии жили в относительно замкнутой местности, где имя Клинтей передавалось из поколения в поколение без влияния литературной нормы.

Искать географию фамилии стоит в старых переписных книгах центральных губерний, где оседлое крестьянское население редко меняло места. Но точных данных о том, в каком именно уезде или области фамилия возникла впервые, в открытых источниках нет.