Фамилия Клипатский звучит как типичная «географическая» фамилия, образованная по модели, распространённой в среде польской шляхты, украинской казацкой старшины и русского духовенства. Суффикс -ский указывает на связь с местностью: такую фамилию обычно получал человек, владевший землёй или живший в населённом пункте с названием Клипаты, Клипатово или похожим. В основе лежит слово «клипать» — в южнорусских и украинских говорах это означало «моргать», «щуриться», «смотреть прищурясь» или, в переносном смысле, «хитрить», «лукавить». Прозвище Клипатый могли дать человеку с привычкой щуриться или с хитроватым прищуром глаз.

Корень фамилии встречается в топонимике: например, село Клипаты (Клипати) существует в Хмельницкой области Украины, а также есть несколько хуторов с похожими названиями в исторических польских землях. Если фамилия образована от названия такого села, то её носитель — выходец из этих мест, а его предки, скорее всего, были мелкими землевладельцами или крестьянами, получившими фамилию при переходе на постоянные родовые имена в XVI–XVIII веках. В пользу «географической» версии говорит и то, что фамилии на -ский редко образовывали от прозвищ напрямую — обычно сначала возникал топоним, а уже от него фамилия.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с литовским или балтским корнем. В литовском языке есть слово «klipata» (неуклюжий, косолапый человек) и глагол «klipoti» (ковылять, хромать). В Великом княжестве Литовском, куда входили земли современной Беларуси и части Украины, балтские прозвища могли перейти в славянскую среду и дать начало фамилии Клипатский. Однако для такого варианта фамилия должна была бы чаще встречаться в северо-западных регионах, а не на юге.

Написание фамилии устойчивое: Клипатский, с буквой «и» в корне, без вариантов вроде Клепатский (такая фамилия тоже существует, но от другого корня — «клепать»). Встречается фамилия нечасто, преимущественно в центральной России и на востоке Украины, что подтверждает её позднее закрепление и локальное происхождение. В дворянских родословных книгах Клипатские не значатся — скорее всего, это фамилия выходцев из сельского духовенства или однодворцев, которые в XIX веке получали «престижные» фамилии на -ский по названию своего села или прихода.