Фамилия Клишнин — одна из тех, где на первый взгляд всё просто, а при ближайшем рассмотрении открывается простор для споров. Словообразовательная модель ясна: это типичная русская фамилия с суффиксом -ин, который в древнерусской традиции присоединялся к основам на -а/-я. Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Клишня. А вот что такое «Клишня» — тут и начинается главное.

Самая прямая версия — от слова «клешня». В северных и сибирских говорах «клишня» (через чередование е/и) — это клешня рака или краба, а также кривая, загнутая деталь какого-нибудь инструмента. Прозвище Клишня могли дать человеку с цепкими, загребущими руками, либо тому, кто работал с таким инструментом — например, кузнецу или рыбаку. Однако есть и другой, менее очевидный путь: в некоторых диалектах «клишня» означала неуклюжего, косолапого человека (от «клишной» — кривой, хромой). Тогда фамилия несла бы описательный, а не профессиональный смысл.

Менее вероятна, но возможна связь с крестильным именем Климент (в народной форме Клим). От Клим образовались фамилии Климшин, Климкин, а Клишнин мог возникнуть через промежуточную форму Клиша — но это уже натяжка, так как суффикс -ш- в уменьшительных формах от Клима даёт «Климша», а не «Клиша». Поэтому версия с прозвищем от «клешни» выглядит убедительнее и поддерживается живыми говорами.

Географически фамилия не массовая, но встречается в старых переписях на Русском Севере и в Вятском крае — регионах, где диалектная лексика сохранялась дольше всего. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно найти прозвища, от которых позже образовались фамилии на -ин, и Клишня не выбивается из этого ряда. Сословно носители, скорее всего, относились к крестьянам или посадским людям — дворянские роды с такой фамилией не известны.

Таким образом, предок нынешних Клишниных, вероятно, получил своё прозвище за внешность или манеру двигаться — либо за ремесло, связанное с клешнями или крюками. Фамилия редкая, но с живым внутренним смыслом, который легко восстановить по говорам.