Фамилия Клишнина — женская форма, мужской вариант — Клишнин. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Клишня. Слово «клишня» в русских говорах имело несколько значений, и все они связаны с внешностью или поведением человека. Чаще всего так называли косолапого человека, того, кто ходит вразвалку, неуклюже. В некоторых диалектах «клишня» — это кривая, изогнутая нога, а в переносном смысле — неловкий, неуклюжий человек. Реже основой могло стать прозвище, данное за сходство с клешней рака или краба — то есть за цепкие, хватательные руки.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе на -а добавился притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Клишнин буквально означал «сын Клишни» или «человек из рода Клишни». Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от слов с окончанием на -а, -я, и широко распространён в северных и центральных областях России.

Фамилия редкая. Её географическое ядро, судя по архивным данным и современным справочникам, — северо-западные и центральные регионы: Новгородская, Псковская, Тверская области. В новгородских писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются прозвища Клишня и Клишной, что подтверждает древность основы. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от полных крестильных имён, фамилия Клишнин указывает на прозвищное происхождение — её носители, скорее всего, происходили из крестьянской или посадской среды, где мирские имена и прозвища были в ходу.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Клишнёв, Клишков, Клишанов) показывает, что Клишнин — одна из немногих форм, сохранивших исходную основу без дополнительных суффиксов. Это делает её ценной для диалектологов: она прямо отражает живое слово, которое в современном языке почти исчезло. Если вы носите эту фамилию, ваш предок почти наверняка получил прозвище за походку или хватку — и оно закрепилось за родом на века.