Фамилия Клитной — редкая, и её происхождение напрямую связано с украинским языком и хозяйственным укладом прошлого. В основе лежит слово «клiть» (клеть), то есть амбар или неотапливаемое помещение для хранения зерна и добра. В украинских говорах это слово было обиходным, и от него образовали прозвище: Клитной — тот, кто имеет отношение к клети.

Словообразовательная модель здесь необычна для русских фамилий. Суффикс -ной встречается реже, чем привычные -ов или -ин, и указывает на прямое прозвище, а не на отчество. В украинской традиции такие формы могли закрепляться за человеком без дополнительных суффиксов: Клитной буквально значит «амбарный». Это мог быть либо ключник, заведовавший амбарами (ключник — важная фигура в хозяйстве, особенно у зажиточных крестьян или мелких помещиков), либо плотник, специализировавшийся на строительстве клетей.

Версия, что прозвище дали по месту жительства — «живущий у клети» — тоже возможна, но менее вероятна: для топонимических прозвищ чаще использовали суффиксы -ский/-цкий. Так что профессиональное происхождение выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к юго-западным регионам, где было сильно украинское влияние: современные Брянская, Курская, Белгородская области, а также исторические земли Слобожанщины. Встречаемость фамилии очень низкая, что типично для прозвищ, не ставших массовыми.

Сравните с однокоренными фамилиями: Клеткин, Клетов, Клетский. Клитной стоит особняком — он сохранил старую форму прилагательного, которое со временем перестало восприниматься как прозвище и закрепилось в родовом имени. При записи в метрики фамилию могли исказить: вместо Клитной иногда писали Клитный или даже Клетной, но исходная форма именно с «и» под ударением.