Фамилия Клочаная — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве основной, а мужская (Клочаный) встречается реже. Такое бывает, если фамилия передалась от матери или вдовы, либо если носительницы составляли большинство в локальной общине. Но чтобы понять корень, нужно сначала разобраться с исходным словом.

Основа «клоч» восходит к диалектному «клок» — пучок, обрывок, клочок шерсти или волос. В говорах «клоч» означал либо лохматого, неопрятного человека, либо, наоборот, того, кто работает с волокнистым сырьём — треплет шерсть, чешет лён. Суффикс «-ан-» здесь типичен для прозвищ, образованных от глаголов и прилагательных: «клочаный» — буквально «тот, кого клочат», то есть треплют, дерут на клочья. Сравните: «рваный» от «рвать», «ломаный» от «ломать». В северных и центральных губерниях прозвище Клочаный могли дать человеку с взлохмаченными волосами или неряшливому, но более правдоподобна версия профессиональная.

В псковских и тверских говорах «клочить» означало «чесать шерсть, лён, делать кудель». Прозвище Клочаный мог получить ремесленник, занимавшийся этим трудоёмким делом. Тогда фамилия указывает на занятие предка: он был мастером по подготовке шерсти для прядения. В некоторых областях «клочом» называли и самого куделя — пучок льна или шерсти, приготовленный для прялки. Соответственно, Клочаным могли прозвать и того, кто продавал такой товар.

Интересна география. Фамилия Клочаная встречается в основном на юге России, в Краснодарском крае и Ростовской области. Это нетипично для северного диалекта «клочить», но объяснимо: переселенцы принесли прозвище с собой. В украинском языке есть слово «клоччя» (пакля, очесы), и фамилия могла возникнуть и на украинской почве, где суффикс «-ан-» также продуктивен. Украинские фамилии на «-аний» нередки: Клочаний, Клочана.

Таким образом, предок носительницы фамилии Клочаная, скорее всего, был ремесленником по обработке шерсти или льна — чесальщиком, трепальщиком, либо торговцем куделем. Менее вероятно, что прозвище дали за внешность, но и такой вариант исключать нельзя.