Фамилия Клочанина — редкий случай, когда перед нами не застывшая форма, а живое указание на принадлежность к определённому месту. Если отбросить окончание -а, характерное для женского варианта фамилии (Клочанина — жена или дочь Клочанина), то мужская основа — Клочанин. А суффикс -анин в русских фамилиях почти всегда указывает на выходца из какой-то местности: так появились Двинянин (с Двины), Москвитин (из Москвы), Тверитин. Точно так же Клочанин — это человек, родом из места с названием Клочи или Клоча.

Где могло находиться это место? Скорее всего, в западных или северных областях России. В Новгородской и Псковской землях часто встречались топонимы на -и, -а, образованные от прозвищ или диалектных слов. Например, деревня Клочи существует в Псковской области до сих пор. Само слово «клоч» или «клоча» в русских говорах могло означать клок, пучок, лохмотья — возможно, так прозвали либо неряшливого человека, либо того, кто жил на отшибе, на клочке земли. Есть и другая версия: в некоторых диалектах «клоча» — это охлупень, конёк крыши, деталь кровли, и прозвище мог получить плотник.

Суффикс -анин в фамилиях — редкость. Обычно он оставался в прозвищах и не переходил в наследственную фамилию, но если переходил, то сохранял отчётливую географическую привязку. Это значит, что предки носителей фамилии Клочанина, вероятно, не так давно переселились из одной деревни в другую, и окружающие запомнили их как «клочан» — пришедших из Клочей. Фамилия не получила широкого распространения, её можно встретить преимущественно на северо-западе России, а также в среде старообрядцев, которые часто сохраняли архаичные словоформы.