Фамилия Клочаный — редкий случай, когда основа слова почти прозрачна, а значение ускользает. В её основе лежит корень «клоч-», который в русских говорах давал целое гнездо слов: «клоч» (клок, пучок, обрывок), «клочок», «клочить» (чесать, трепать, делать косматым). Казалось бы, логичнее всего предположить прозвище Клоч — так могли назвать лохматого, неопрятного человека или того, кто ходит в рваной одежде. Но здесь включается суффикс «-ан-», который в восточнославянских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на носителя признака: лохматый, косматый, нечёсаный. То есть Клочаный — это не «сын Клоча» (как было бы с суффиксом -ов), а «тот, кто клочан», то есть сам является воплощением этого качества.

В украинской и южнорусской традиции слово «клоччя» означало паклю, очесы льна или конопли — грубое волокно, которое шло на конопачение щелей. Отсюда могло возникнуть прозвище для мастера, работавшего с этим материалом: конопатчика, пакольщика. В таком случае Клочаный — профессиональное прозвище, а не обидная характеристика внешности.

География фамилии тоже подсказывает вариант. Клочаные встречаются в основном на западе и юге России, а также в Беларуси и на Украине. В белорусском языке «клочаны» — это валенки из грубой шерсти, войлочная обувь. Прозвище могло закрепиться за валяльщиком или продавцом такой обуви. В польском языке есть слово «kłóć» — ссориться, спорить, что даёт ещё одну, хоть и менее вероятную, версию: сварливый человек.

Словообразовательная модель «-ан(ый)» — редкая для русских фамилий, но характерная для украинских и польских. В русском языке чаще встречается притяжательный суффикс «-ов» (Клочков) или «-ин» (Клочин). Клочаный стоит особняком: это не фамилия-притяжание, а фамилия-характеристика, описательное прозвище, которое застыло в форме прилагательного. Аналогов мало: Долганый, Лысаный, Крисаный. По сути, это ответ на вопрос «какой?», а не «чей?».

Сословная принадлежность фамилии, скорее всего, крестьянская или ремесленная. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Носители — люди, чьи предки жили в сельской местности, занимались обработкой льна, валянием войлока или просто получили прозвище за внешний вид. В написании возможны варианты: Клочаный, Клочаной (устаревшее окончание), реже Клочанный с двойной «н» — но это уже поздняя канцелярская ошибка.