Фамилия Клочаной — редкий пример, где ударение и окончание указывают на южнорусское или украинское происхождение. Форма на -ой (а не на -ый или -ий) характерна для фамилий, возникших в южных и западных регионах бывшей Российской империи. Если бы фамилия была образована стандартно, она звучала бы как Клочанов, но здесь мы видим усечённую модель: от прозвища Клочан напрямую, без притяжательного суффикса.

Разбираем основу. Клочан — это диалектное слово, которое в разных говорах означало либо «клок, пучок, клочок» (от общеславянского «клок»), либо «ком, кусок чего-то спутанного». В переносном смысле так могли прозвать человека с взлохмаченными волосами, неряшливого или, наоборот, того, кто работал с волокнистыми материалами — например, трепал лён или шерсть. Встречается и другая версия: в некоторых украинских говорах «клочан» — это стебель капусты или кочерыжка, то есть прозвище могло быть дано за коренастость или крепкое сложение.

Самый вероятный путь возникновения: фамилия Клочаной закрепилась за крестьянином или ремесленником, которого в документах записали не через отчество, а через прозвище в форме прилагательного — «Клочаной» (то есть «тот, кто относится к Клочану»). Такая модель встречается у фамилий на -ой, -ий, -ый, когда прозвище становилось фамилией без дополнительных суффиксов.

Географически фамилия тяготеет к Черниговщине, Полтавщине и смежным областям — там, где диалектное слово «клочан» было в ходу, а окончание на -ой не редкость. Встречаются также написания «Клочаный» и «Клочаний», но вариант с «-ой» фиксирует именно южное произношение.

Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или казакам — в дворянской среде такие прозвищные формы с бытовой основой почти не встречались. Точных данных о массовом распространении фамилии нет: она остаётся локальной и малочисленной.